O Centro promove o bem público eclesial na sua aérea de intervenção e tem como fins a promoção da caridade cristã, da cultura, da educação e da integração comunitária e social, na perspetiva dos valores do evangelho e da Doutrina Social da Igreja, sobretudo junto dos mais frágeis e pobres.  No contexto do ano jubilar da misericórdia, iniciou-se o projeto social «porta da misericórdia», no combate ao desperdício alimentar e à concretização da obra de misericórdia de «dar de comer a quem tem fome». É constituído por uma direção, um conselho fiscal, uma equipa de voluntários e outra de doadores ou Liga dos Amigos do Centro, que todas os meses se ocupam da alimentação de 50 famílias. É uma Instituição Particular de Solidariedade Social e Pessoa Coletiva de Utilidade Pública. Tem a sua sede na Rua dos Canos verdes, 111 a 119. As doações devem ser feitas através do IBAN PT50 0059 0007 2101 9100 2367 6. Associado ao CSPS irá funcionar o Centro de Convívio de Idosos da freguesia da Sé, apoiado por um grupo de voluntariado, em instalações próprias na Rua da Boa Nova.

A Conferência Vicentina da Sé é um movimento católico de leigos que se dedica, sob o impulso da justiça e da caridade, à realização de iniciativas destinadas a aliviar o sofrimento do próximo, em particular dos social e economicamente mais desfavorecidos, mediante o trabalho coordenado dos seus membros. A Conferência de São Salvador da Sé foi constituída em 1904, tendo atualmente tem 10 confrades que assistem a outras tantas famílias da paróquia. Trabalha em articulação com o projeto «porta da misericórdia». Aceita voluntários para serem vicentinos bem como donativos para reposta às solicitações que lhe chegam. Reúne quinzenalmente, às 5ª.as feiras no Centro Social Paroquial da Sé, sito à Rua dos Canos Verdes, 111.

A Cáritas foi fundada em 1956, com sede na freguesia da Sé. Nos primeiros 20 anos colaborou na distribuição de géneros alimentícios e roupas. Na década de 70, deu início a atividades de natureza promocional e de desenvolvimento. Após o sismo de 1980, desenvolveu e geriu vários programas de apoio aos mais atingidos e alargou a sua ação através da organização de atividades de promoção, formação profissional e ações de sensibilização. Criou uma Creche e Jardim de Infância e desenvolveu um Projeto de prevenção primária da toxicodependência. Nos anos 90, celebrou Acordos de Cooperação, aderindo a iniciativas comunitárias.  Atualmente, para além destas atividades, continua a desenvolver ações no sentido do acolhimento e atendimento das pessoas; mantém a sua vertente assistencial, distribuindo roupas, mobílias e utensílios domésticos; continua a apoiar o restauro de habitações e a promover campanhas de recolha e peditórios. Tem a sua sede nas antigas instalações do Lar de Santa Maria Goretti, sita na Canada dos Folhadais.

Presente há 120 anos na freguesia a Sé, a CEA é uma pessoa coletiva canónica, reconhecida na ordem jurídica civil, constituída por sócios, que se ocupa de fornecer diariamente refeições a várias pessoas e famílias desta área geográfica. Apoia os beneficiários do Rendimento Social de Inserção, bem como pessoas deslocadas e alojadas nas instalações da Casa de São Jorge, sita na Rua Recreio dos Artistas. Os órgãos sociais, eleitos por mandatos de 4 anos, são constituídos por uma mesa da assembleia geral, direção e conselho fiscal. Desde 1900, a instituição recebeu parte da cerca do extinto convento de São Gonçalo, para construir a sede que, partilhou primeiramente com o Rádio Clube de Angra e atualmente com o Grupo de Teatro Alpendre.

A Santa Casa da Misericórdia de Angra do Heroísmo é uma associação canónica de fiéis fundada em 1498, cuja missão consiste na prática da solidariedade social, em conformidade com o disposto no Compromisso da Instituição, desenvolvendo intervenções centradas no indivíduo, na família e na comunidade, funcionando como um agente de desenvolvimento local e comunitário. Promove intervenções destinadas a crianças, jovens, idosos, deficientes e desempregados e outros grupos vulneráveis da comunidade local. Desenvolve atividades nas áreas dos cuidados de saúde e bem-estar, reabilitação, inserção e reinserção social, formação e qualificação profissional. Na freguesia da Sé, a SCMAH tem um lar-residencial para idosos, sito na Carreira dos Cavalos, presta apoio ao domicílio, com refeições e higiene pessoal, para além da igreja da Misericórdia.

Para além das instituições de natureza canónica, a freguesia da Sé conta com outros serviços e valências de inegável valor, com quem tem parcerias. É o caso da centenária Confederação Operária Terceirense (COT), com sede na Rua da Sé, que dispõe de um Colégio e um Centro de Atividades de Tempos Livres (O Golfinho), uma residência para acolhimento de pessoas sem abrigo ou em exclusão (Novo Rumo), uma Casa de Emergência destinada a repatriados, deportados ou imigrantes; uma Residência de Autonomização (Rumo Certo) em ordem a uma reintegração social dos residentes das valências anteriores; uma Equipa de Apoio a Grupo de Risco (EAGR) e uma Equipa de Rua. Destinada às vítimas de violência doméstica, a COT oferece o SOS Vítima e uma Casa Abrigo “Renascer” destinada a mulheres e filhos menores. Dispõe ainda de um Centro de Atendimento e Acompanhamento Psicossocial das famílias beneficiárias do Rendimento Social de Inserção.

Fundada na Sé Catedral em 1604, com uma capela dedicada a São Pedro ad Vincula e seu consistório, serviu ao longo dos séculos para apoio espiritual e material aos padres diocesanos mais pobres, quer na vida, na doença e na morte. Por ocasião do 4º. Centenário da sua fundação (2004) foi construída uma casa sacerdotal na Rua dos Canos Verdes, mantendo atualmente esta Instituição Particular da Solidariedade Social  a causa fundacional com as necessárias adaptações ao tempo presente, agregando todos os padres da diocese.  É Pessoa Coletiva de Utilidade Pública.

Para quem necessita de uma refeição diária quente, para além da Cozinha Económica, existe a Associação Médica Internacional (AMI), através da Porta Amiga, junto ao Cais da Alfandega, a funcionar   de 2ª. a 6ª. feira, com refeitório, géneros alimentares, vestiário, lavandaria, balneário, cuidados de saúde, distribuição de produtos de higiene, apoio jurídico, apoio e acompanhamento social, apoio psicológico, formação, informação e sensibilização, procura ativa de emprego, atividades socioculturais, distribuição de material escolar e atividades socioculturais.  As pessoas descolocadas da ilha de São Jorge, por razões de saúde ou outras, dispõem na freguesia da Sé, de uma casa de acolhimento, sita na Rua Recreio dos Artistas, chamada Casa de São Jorge. Sita na Rua da Palha, está a Liga Contra o Cancro e na Rua da Rocha, o Centro de Oncologia, instituições de apoio à saúde, onde profissionais e voluntários dão o melhor de si mesmos.